Après un cursus de naturaliste Hélène Coqueugniot obtient un doctorat ès-sciences en Anthropologie biologique à l’Université de Bordeaux en 1998, puis une HDR en 2010. Elle est nommée chargée de recherche au CNRS en 2002 puis directrice de recherche en 2013.

Elle est élue directrice d’études cumulante par la section SVT de l’EPHE en 2015.

Hélène Coqueugniot est paléoanthropologue spécialiste de paléoauxologie (étude des processus de croissance dans les populations du passé). Ses objets d’étude vont du Pléistocène moyen aux périodes actuelles. Ils intègrent des fossiles de la lignée humaine (d’Homo erectus aux premiers hommes anatomiquement modernes en incluant les Néandertaliens), des restes humains datant de périodes de la Préhistoire récente à des périodes historiques parfois contemporaines (incluant des collections ostéologiques de référence), des populations actuelles constituant des échantillons représentatifs de la variabilité moderne et alimentant des bases de données qu’elle a constituées.

Elle utilise principalement les méthodes de l’imagerie numérique associées à des méthodes morphométriques et bio-statistiques. Ses champs d’intérêt concernent l’ostéobiographie (incluant la paléoauxologie et l’analyse de la variabilité normale et pathologique du tissu osseux), l’ergonomie et l’anthropologie forensique.

Elle s’implique également dans l’élaboration de corpus numériques (bases de données, banques d’images bi- et tridimensionnelles et impressions 3D).

Membre du Grand Programme de Recherche "Human Past, l'histoire de l'humanité" (UMR 5199 PACEA).