Titulaire d'une maîtrise de physiologie-pharmacologie obtenue en 1991 à l'université de Montpellier II, Françoise Trousse obtient un DEA Biologie-santé à l'université Montpellier II. Elle poursuit sa formation en se spécialisant en neurobiologie du développement. Elle obtient un doctorat de l'université de Toulouse III en 1998, suivi par 2 stages post-doctoraux en biologie du développement, à Madrid (4 ans), puis à Toulouse (3 ans).

Françoise Trousse a été recrutée comme Maître de conférences EPHE en 2007.

Françoise Trousse mène ses recherches au sein du laboratoire « Mécanismes moléculaires des démences neurodégénératives» (UMR_S 1198 Inserm/Université de Montpellier/EPHE), laboratoire interdisciplinaire dont les recherches concernent le vieillissement et les maladies neurodégénératives, de la cellule à l’homme. Dans ce contexte, elle s'intéresse plus particulièrement à la fonction d’une protéine inflammatoire, Regenerating Islet derived-1 (Reg-1a) retrouvée sous forme de dépôts fibrillaires dans le cerveau de patients atteints de la maladie d’Alzheimer.

Ces premières recherches ont permis de montrer un rôle de Reg-1a dans la plasticité cérébrale.

Suite à ces travaux, elle s’intéresse au rôle de cette protéine dans le contexte des pathologies neurodégénératives, en particulier dans les tauopathies, démences caractérisées par la phosphorylation anormale de la protéine Tau qui conduit in fine à la mort des cellules nerveuses.